【徹底調査】菌活 サプリのおすすめ人気ランキング2025｜独自アンケートも公開！

あなたの健康や美容の悩みを解決したいと思ったとき、何を取り入れるべきか迷った経験はありませんか？近年注目されているのが“菌活”をサポートするサプリメントです。実際にどの商品を選べば効果的なのか、迷いや不安を抱える方も多いはず。そこで本記事では、2025年最新の人気ランキングとともに、実際に利用者からの声をもとにした独自アンケート結果も公開し、信頼できる情報をお届けします。自分にぴったりの菌活サプリを見つけて、健康的な生活を手に入れましょう。あなたの選択をサポートするヒントが満載です。ぜひ参考にしてください！

※一部記事は専門家やプロのアドバイス・監修を受けています。一部のコンテンツにプロモーションを含みます。

菌活 サプリの選び方

菌活サプリは腸内環境を整え、健康維持や美容に役立ちます。選ぶ際は、ユーザーの目的に合った菌の種類や含有量、そして日常生活に無理なく取り入れられるサイズや形状を重視することが大切です。初心者でもわかりやすいポイントを押さえましょう。

目的に合わせて菌の種類と配合量を選ぶ

乳酸菌やビフィズス菌など菌の種類はさまざまです。免疫力アップや便通改善など目的に応じた菌を含むサプリを選ぶことで効果を実感しやすくなります。また、菌の含有量が多いほど効果が期待できますが、過剰摂取は避けましょう。

飲みやすい形状と分量で継続しやすさを重視

サプリは錠剤、カプセル、粉末など形状が異なります。ことで継続しやすくなります。特に大きすぎる錠剤や多量に飲む必要があるものは負担になるため、無理なく続けられる分量か確認しましょう。

保存方法とサイズで置き場所を考慮する

菌活サプリは菌を生きたまま届けるため、冷蔵保存が必要なタイプもあります。と便利です。常温保存可能なタイプは持ち運びにも適しています。

添加物や副原料の有無で安全性と体への負担を確認

合成保存料や着色料など余計な添加物が少ないものは安心して続けやすいです。しましょう。自然由来の原料が多いものは体への負担が少ない傾向にあります。

菌活サプリは目的に合った菌の種類と量、継続しやすい飲みやすさ、置き場所に合った保存方法をバランス良く選ぶことが重要です。安全性にも配慮し、無理なく日常に取り入れて健康的な腸活を目指しましょう。

【早見わかり】菌活 サプリのおすすめ比較表

※このランキングは、独自アンケート調査によるユーザー評価スコアと編集部による調査や検証結果を総合して順位付けをしています

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商品名	画像	価格	ブランド	キャッチコピー	ユーザー評価	菌の種類と配合量	形状と飲みやすさ	保存方法とサイズ	添加物の有無	菌の種類と数	飲みやすさ・味	成分の安全性	効果が出るまでの期間	保存方法の簡単さ	腹痛やお腹の調子への影響	詳細記事
1位：aequalis 菌活すっきり 乳酸菌サプリメント		￥1,480 (￥1,480 / 袋)	aequalis	10兆個乳酸菌で毎日のスッキリ菌活サポート	★4.3点	豊富な乳酸菌と善玉菌をバランス良く配合	粒は小さめで飲みやすく続けやすい	直射日光・高温多湿を避けて保存、30粒入りで携帯便利	自然由来の成分中心で添加物は控えめ	4.8	3.8	4.5	4.0	3.5	3.7	詳細レビュー
2位：DUEN 菌活善菌 乳酸菌サプリメント 30日分		￥790	DUEN	5兆個の乳酸菌で毎日の菌活を強力サポート	★4.2点	乳酸菌とビフィズス菌など多種類配合	ソフトカプセルで飲みやすい	30粒入りで携帯しやすい	添加物不使用の安心設計	4.7	3.6	4.5	3.9	3.7	3.8	詳細レビュー
3位：新日本ヘルス 菌活届くEX 60粒		￥1,380 (￥1,380 / 60)	新日本ヘルス	5兆個の生菌で毎日スッキリ腸活！	★4.3点	多種菌配合で腸内環境サポート	噛んで食べられるヨーグルト味が便利	国内GMP工場製で安心、60粒入り	添加物不使用の自然派サプリ	4.7	4.5	4.4	3.7	3.9	4.1	詳細レビュー
4位：悩み解決ラボ ビフィラル 乳酸菌サプリ 30日分		￥1,680 (￥56 / 粒)	悩み解決ラボ	生きた菌が届く！毎日の菌活をサポート	★4.1点	4.5兆個の多菌種で効果実感しやすい	耐酸性カプセルで飲みやすく続けやすい	30粒入りで持ち運び便利、保存も簡単	安心の国内製造、添加物不使用	4.7	4.0	4.6	3.7	3.9	4.2	詳細レビュー
5位：森永乳業 森永ビヒダス ビフィズス菌BB536 3…		￥1,400 (￥47 / 粒)	morinaga	毎日1粒で続ける本格菌活サプリ	★4.5点	ビフィズス菌BB536のみのシンプル配合	小粒で飲みやすいカプセルタイプ	直射日光避けて常温保存、コンパクトなサイズ	添加物不使用で安心安全	4.8	3.8	4.6	4.4	3.9	4.7	詳細レビュー
6位：菌トレ習慣 乳酸菌ビフィズス菌サプリメント		￥1,316 (￥22 / 粒)	菌トレ習慣	3兆個の乳酸菌で毎日スッキリ菌活習慣	★4.3点	多種類の乳酸菌と善玉菌サポート成分を配合	ヨーグルト味の小粒で飲みやすい	冷暗所保存でコンパクトなサイズ	自然な成分で添加物不使用	4.7	4.6	4.5	3.8	3.5	4.0	詳細レビュー
7位：SLEEPIA 休息×菌活サプリメント 30日分		￥1,200 (￥20 / 粒)	SLEEPIA	菌活と休息をWサポートで毎晩快適に	★4.3点	乳酸菌多種で腸内環境を整える効果的な配合	粒は小さめで飲みやすく続けやすい設計	常温保存で手軽に管理できる30日分	自然由来成分中心で添加物不使用	4.6	4.0	4.5	3.8	3.9	4.3	–
8位：DUEN 腸活善菌 便通改善サプリ		￥780 (￥780 / 袋)	DUEN	生きた乳酸菌で毎日の快適な腸活をサポート	★4.3点	有胞子性乳酸菌1億個配合で効果的	飲みやすいサイズで続けやすい	30日分で手軽に管理できる	無添加で安心して摂取できる	4.7	3.5	4.6	4.3	3.7	4.4	詳細レビュー
9位：pure nature BIOERE 乳酸菌サプリ…		￥1,440 (￥48 / 粒)	pure nature	4.5兆個の生きた菌を腸まで届ける菌活サポート	★4.3点	4.5兆個の乳酸菌と酪酸菌を配合	耐酸性カプセルで飲みやすい	30粒入りで携帯しやすい	無添加で安心して摂取できる	4.7	3.6	4.6	4.1	3.8	4.0	–
10位：菌トレ習慣 HYPER 乳酸菌サプリメント 30日…		￥2,980 (￥50 / 粒)	菌トレ習慣	20兆個の乳酸菌で腸内環境を徹底サポート！	★4.3点	20兆個の乳酸菌と酪酸菌を配合	ヨーグルト風味の小粒タブレット	30日分で手軽に管理できるサイズ	善玉菌サポート成分豊富で安心	4.7	4.5	4.6	3.7	3.8	4.0	–
11位：DAY AFTER… 乳酸菌サプリ 30日分		￥1,480 (￥1,480 / 袋)	DAY AFTER…(デーアフター)	32種の菌と美容成分で毎日の腸活をサポート	★4.5点	32種の乳酸菌と善玉菌をバランス良く配合	ヨーグルト風味で飲みやすい粒タイプ	国内GMP工場製で適切な保存が可能	添加物不使用で安心して続けられる	4.8	4.5	4.7	3.9	4.0	4.1	詳細レビュー
12位：悩み解決ラボ ビフィラル 酪酸菌サプリ 30日分		￥1,980	悩み解決ラボ	生きた酪酸菌30億個で腸内すっきり菌活！	★4.3点	酪酸菌30億個と多種菌で腸内環境を強化	耐酸性カプセルで飲みやすく続けやすい	直射日光・高温避けて30粒を管理	乳成分や大豆含むため注意が必要	4.7	3.6	4.5	3.8	3.9	4.2	–
13位：酪酸菌Rich 菌活サプリ 30日分		￥1,180 (￥39 / 粒)	酪酸菌Rich	酪酸菌8億個配合！毎日の菌活をしっかりサポート	★3.6点	酪酸菌中心で8億個配合し効果的	粒タイプで飲みやすい設計	30日分で手軽に管理できる	自然成分中心で安心して摂取	4.7	3.2	3.5	3.3	3.1	3.4	–
14位：元気を届ける 乳酸菌＆ビフィズス菌 PREMIUM		￥999	元気を届ける	6兆個の菌で毎日スッキリ菌活サポート！	★4.3点	17種と6兆個の豊富な菌数が魅力	粒タイプで飲みやすく続けやすい	30日分で手軽なサイズ、常温保存可能	自然由来成分中心で添加物不使用	4.8	3.6	4.7	3.8	4.4	4.3	詳細レビュー
15位：菌トレ習慣 酪酸菌サプリ 30粒		￥2,480 (￥83 / 粒)	菌トレ習慣	酪酸菌30億個で腸内から美と健康をサポート	★4.3点	多種類の菌と酪酸菌30億個配合で効果的	粒は小さく飲みやすい設計	30粒入りで持ち運びやすく保存も簡単	自然素材中心で添加物不使用	4.7	3.7	4.6	3.9	4.2	4.3	–

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菌活 サプリのおすすめランキング

※このランキングは、独自アンケート調査によるユーザー評価スコアと編集部による調査や検証結果を総合して順位付けをしています

1位：aequalis 菌活すっきり 乳酸菌サプリメント

10兆個乳酸菌で毎日のスッキリ菌活サポート

菌活 サプリのおすすめランキングの第1位は「aequalis 菌活すっきり 乳酸菌サプリメント」です。

▼商品概要
本商品は、菌活に最適なサプリメントとして開発された「aequalis 菌活すっきり」です。1粒に10兆個のナノ型乳酸菌と19種類の乳酸菌・ビフィズス菌、酪酸菌を配合し、さらに善玉菌の働きを助ける5種のプレバイオティクスを凝縮。ヨーグルト約2000個分の乳酸菌量で、体内フローラのバランスを整え、毎日のスッキリを強力にサポートします。さらに、発酵成分コンブチャや酵素も含まれているため、内側からの健康と美しさを目指す方におすすめの一粒です。

2位：DUEN 菌活善菌 乳酸菌サプリメント 30日分

5兆個の乳酸菌で毎日の菌活を強力サポート

菌活 サプリのおすすめランキングの第2位は「DUEN 菌活善菌 乳酸菌サプリメント 30日分」です。

▼商品概要
本商品は、『菌活 サプリ』として毎日の健康維持に役立つ乳酸菌サプリメントです。5兆個もの乳酸菌を配合し、ビフィズス菌や酪酸菌も贅沢に含むことで、腸内の善玉菌をしっかりサポートします。さらに、オリゴ糖と食物繊維が善玉菌の働きを助け、腸内環境のバランスを整えることに貢献。国内のGMP認定工場で製造されており、品質面でも安心して続けられるのが魅力です。毎日の菌活を手軽に始めたい方にぴったりのサプリメントです。

3位：新日本ヘルス 菌活届くEX 60粒

5兆個の生菌で毎日スッキリ腸活！

菌活 サプリのおすすめランキングの第3位は「新日本ヘルス 菌活届くEX 60粒」です。

▼商品概要
本商品は腸内環境を整えたい方に最適な菌活サプリです。5兆個もの生きた乳酸菌やビフィズス菌、酪酸菌を贅沢に配合し、善玉菌のバランスをサポートします。さらに有胞子性乳酸菌やラクトフェリン、ナットウキナーゼ、オリゴ糖も含まれており、腸活に必要な成分を一度に摂取可能です。国内GMP認定工場で製造されているため、安心して毎日続けられる品質が魅力。ヨーグルト味で水なしで噛んで食べられる手軽さも続けやすいポイントです。

4位：悩み解決ラボ ビフィラル 乳酸菌サプリ 30日分

生きた菌が届く！毎日の菌活をサポート

菌活 サプリのおすすめランキングの第4位は「悩み解決ラボ ビフィラル 乳酸菌サプリ 30日分」です。

▼商品概要
本商品は、体内の善玉菌バランスを整えるために開発された菌活サプリメントです。乳酸菌、ビフィズス菌、酪酸菌をはじめ、ナットウキナーゼやオリゴ糖などを贅沢に配合し、1日1粒で約4.5兆個もの生きた菌を摂取できます。耐酸性カプセルによって胃酸に負けず腸まで菌を届けることができるため、効率よく菌活をサポートします。さらに国内GMP認定工場製造で品質にも安心感があり、毎日の健康維持や美しい体づくりを目指す方に最適です。続けやすいカプセルタイプで飲みやすく、菌活を始めたい初心者にもおすすめの一品です。

5位：森永乳業 森永ビヒダス ビフィズス菌BB536 30日分

毎日1粒で続ける本格菌活サプリ

菌活 サプリのおすすめランキングの第5位は「森永乳業 森永ビヒダス ビフィズス菌BB536 30日分」です。

▼商品概要
本商品は森永乳業の50年にわたるビフィズス菌研究の成果を凝縮した、機能性表示食品の「森永ビヒダス 30日分 ビフィズス菌 BB536」です。ビフィズス菌BB536は酸や酸素に強く、生きたまま腸に届きやすいため、毎日の菌活サプリとして腸内環境を効果的に整えることが期待できます。1日1粒で手軽に続けられ、腸の調子を整えたい方にぴったりのサプリメントです。腸内の善玉菌を増やし、健康的な毎日をサポートします。

6位：菌トレ習慣 乳酸菌ビフィズス菌サプリメント

3兆個の乳酸菌で毎日スッキリ菌活習慣

菌活 サプリのおすすめランキングの第6位は「菌トレ習慣 乳酸菌ビフィズス菌サプリメント」です。

▼商品概要
本商品は、菌活を手軽に始めたい方に最適な乳酸菌サプリメントです。1袋にビフィズス菌や乳酸菌、ラブレ菌、ガセリ菌を含む22種類の乳酸菌が3兆個も配合されており、毎日2粒の摂取で効率的に善玉菌を増やせます。さらに、ラクトフェリンやイヌリン、オリゴ糖など善玉菌のエサになる成分も豊富に含まれているため、腸内環境のバランスを整え、健康維持をサポートするのに役立ちます。ヨーグルト風味のタブレットで飲みやすく、続けやすいのも魅力です。国内GMP認定工場での生産により品質も安心。菌活を始めたい方におすすめの一品です。

7位：SLEEPIA 休息×菌活サプリメント 30日分

菌活と休息をWサポートで毎晩快適に

菌活 サプリのおすすめランキングの第7位は「SLEEPIA 休息×菌活サプリメント 30日分」です。

▼商品概要
本商品は、菌活と休息を同時にサポートする新発想のサプリメント「SLEEPIA」です。ビフィズス菌やガセリ菌、酪酸菌などのこだわりの乳酸菌に加え、GABAやグリシン、トリプトファンなどの休息成分を配合し、腸内環境と心身のリラックスを内側から整えます。特に「おやすみ前の習慣として1日2粒で菌活と休息をWで支える設計」が特徴で、毎日の睡眠の質向上と腸内バランスの両立を目指す方に最適です。国内GMP工場で製造されており、安心して続けられる点も魅力です。

8位：DUEN 腸活善菌 便通改善サプリ

生きた乳酸菌で毎日の快適な腸活をサポート

菌活 サプリのおすすめランキングの第8位は「DUEN 腸活善菌 便通改善サプリ」です。

▼商品概要
本商品は、菌活サプリとして腸内環境を整えたい方に最適な製品です。有胞子性乳酸菌（Weizmannia coagulans SANK70258）を1億個配合し、生きたまま腸に届くことで便通改善をサポートします。さらに、ビフィズス菌や食物繊維も含まれており、毎日の腸活に役立つ成分がバランスよく配合された機能性表示食品です。手軽に続けやすいサプリメント形状で、健康的な腸内環境を目指す方におすすめです。

9位：pure nature BIOERE 乳酸菌サプリ 30日分

4.5兆個の生きた菌を腸まで届ける菌活サポート

菌活 サプリのおすすめランキングの第9位は「pure nature BIOERE 乳酸菌サプリ 30日分」です。

▼商品概要
本商品は、毎日の菌活をサポートするために開発されたサプリメントです。1袋に4.5兆個もの乳酸菌をはじめ、話題の酪酸菌やビフィズス菌、さらにナットウキナーゼや難消化性デキストリン、イヌリンなど多彩な成分を贅沢に配合しています。耐酸性カプセルにより、生きた菌を胃酸から守り腸内の奥まで直接届けることが可能で、体内フローラを効果的に整え、すっきりとした毎日の健康維持に役立ちます。国内のGMP認定工場で丁寧に製造され、15種の無添加で体にやさしい点も魅力です。菌活を本格的に始めたい方におすすめの高品質サプリメントです。

10位：菌トレ習慣 HYPER 乳酸菌サプリメント 30日分

20兆個の乳酸菌で腸内環境を徹底サポート！

菌活 サプリのおすすめランキングの第10位は「菌トレ習慣 HYPER 乳酸菌サプリメント 30日分」です。

▼商品概要
本商品は、1袋で20兆個もの乳酸菌を摂取できる菌活サプリメント『菌トレ習慣 HYPER』です。ビフィズス菌や乳酸菌、さらに貴重な酪酸菌をはじめ、善玉菌の働きを支えるラクトフェリンやオリゴ糖、竹炭など多彩な成分を配合。日々の菌活を効率的にサポートし、体内フローラのバランスを整えることが期待できます。小粒でヨーグルト風味と飲みやすさにもこだわっているため、毎日の継続も容易です。国内GMP認定工場製造の安心品質で、健康維持や美しく健やかな身体づくりを目指す方におすすめです。

11位：DAY AFTER… 乳酸菌サプリ 30日分

32種の菌と美容成分で毎日の腸活をサポート

菌活 サプリのおすすめランキングの第11位は「DAY AFTER… 乳酸菌サプリ 30日分」です。

▼商品概要
本商品は、1日1粒で32種・5兆個の乳酸菌を手軽に摂取できる菌活サプリです。ビフィズス菌や酪酸菌、イヌリン、オリゴ糖などの善玉菌サポート成分に加え、コラーゲンやヒアルロン酸などの美活成分も配合。ヨーグルト風味で飲みやすく、毎日の腸活を続けやすい設計です。国内のGMP認定工場で製造されているため、安心して継続できる品質と効果を追求したサプリメントとしておすすめします。

12位：悩み解決ラボ ビフィラル 酪酸菌サプリ 30日分

生きた酪酸菌30億個で腸内すっきり菌活！

菌活 サプリのおすすめランキングの第12位は「悩み解決ラボ ビフィラル 酪酸菌サプリ 30日分」です。

▼商品概要
本商品は、菌活サプリとして理想的なビフィラル酪酸菌サプリです。1袋に30億個の生きた酪酸菌をはじめ、ビフィズス菌4種、乳酸菌16種、さらにオリゴ糖やイヌリンを贅沢に配合し、腸内環境を徹底サポートします。特に耐酸性カプセルにより、生きた菌が胃酸をくぐり抜けて腸までしっかり届く点が特徴で、日々の菌活で善玉菌を増やしたい方に最適です。国内のGMP認定工場製造で品質も安心。1日1粒で手軽に続けやすく、忙しい現代人の健康維持に役立ちます。

13位：酪酸菌Rich 菌活サプリ 30日分

酪酸菌8億個配合！毎日の菌活をしっかりサポート

菌活 サプリのおすすめランキングの第13位は「酪酸菌Rich 菌活サプリ 30日分」です。

▼商品概要
本商品は、菌活をサポートするために開発されたサプリメントです。高濃度の酪酸菌を8億個配合し、乳酸菌やビフィズス菌、さらに16種の厳選された生酵素や美容成分も含まれています。腸内環境のバランスを整え、健康的な毎日を目指す方に最適です。特に、酪酸菌を中心とした多様な菌と酵素の組み合わせが、菌活における腸内フローラの活性化に役立ちます。また、オリゴ糖やこうじ酵素も含まれ、腸内の善玉菌を増やすサポートを期待できます。毎日の習慣に取り入れやすい30日分の内容で、菌活を始めたい方におすすめのサプリです。

14位：元気を届ける 乳酸菌＆ビフィズス菌 PREMIUM

6兆個の菌で毎日スッキリ菌活サポート！

菌活 サプリのおすすめランキングの第14位は「元気を届ける 乳酸菌＆ビフィズス菌 PREMIUM」です。

▼商品概要
本商品は、17種類の乳酸菌と6種類のビフィズス菌に加え、酪酸菌やナットウキナーゼも配合した「元気を届ける乳酸菌＆ビフィズス菌PREMIUM」です。1日1粒で6兆個の菌を摂取でき、体内フローラのバランスを整え、健康維持や美容に必要な善玉菌を効率的にサポートします。さらにオリゴ糖やイヌリンといった善玉菌の働きを助ける成分も含まれており、毎日の菌活を手軽に始めたい方に最適です。国内のGMP認定工場で製造されているため、品質面でも安心して続けられます。

15位：菌トレ習慣 酪酸菌サプリ 30粒

酪酸菌30億個で腸内から美と健康をサポート

菌活 サプリのおすすめランキングの第15位は「菌トレ習慣 酪酸菌サプリ 30粒」です。

▼商品概要
本商品は、腸内環境を整えるために設計された菌活サプリメントです。1袋に生きた酪酸菌が30億個も含まれており、強力な腸内サポートを実現します。また、7種類のオリゴ糖と19種の善玉菌をバランスよく配合しているため、腸内フローラ全体の健康維持に効果的です。特に酪酸菌や乳酸菌、ビフィズス菌を効率的に摂取したい方に最適で、日々の菌活をサポートします。国内GMP認定工場で製造されているため、品質面でも安心してお使いいただけます。

「菌活 サプリ」についてのよくある質問

Q. 菌活サプリとは何ですか？

A. 菌活サプリとは、腸内環境を整えるための乳酸菌やビフィズス菌などの善玉菌を含むサプリメントのことです。

Q. 菌活サプリはいつ飲むのが効果的ですか？

A. 一般的には食後に飲むのが効果的とされていますが、商品によって異なるためパッケージの指示を確認してください。

Q. 菌活サプリは毎日飲まないといけませんか？

A. はい、継続的に摂取することで腸内環境の改善効果が期待できるため、毎日飲むことをおすすめします。

Q. 菌活サプリと食事で気をつけることはありますか？

A. バランスの良い食事や食物繊維を多く含む食品を一緒に摂ると、菌活サプリの効果を高めることができます。

Q. 菌活サプリは子どもや妊婦も飲めますか？

A. 商品によって異なるため、子どもや妊婦が飲む場合は医師や専門家に相談することをおすすめします。